Федеральной службой безопасности Российской Федерации продолжается проведение комплекса оперативных и иных мероприятий по обеспечению безопасности граждан и государства от возможных террористических актов. С сентября 1999 года по настоящее время на территории России (кроме Чеченской Республики) совершено 53 преступления с признаками терроризма (ст.205 УК России), из которых 12 раскрыто (преступники осуждены либо уголовные дела в отношении них рассматриваются в судах). По 25 фактам взрывов установлены конкретные участники преступлений, которые объявлены в федеральный и международный розыск, в отношении них осуществляются оперативные и следственные мероприятия. По другим 16 преступлениям осуществляются оперативные мероприятия для установления заказчиков и исполнителей взрывов. Органами безопасности в указанный период предотвращен 21 террористический акт.

Разработанная система контрразведывательных мер на воздушном транспорте позволяет обеспечить безопасность полетов. Во взаимодействии с подразделениями органов внутренних дел и службами авиационной безопасности проводятся дополнительные мероприятия по предупреждению угонов воздушных судов и совершению преступлений с их использованием.